Den preussiske anneksion 1864-67
Da krigen var overstået i slutningen af 1864 var det usikkert, hvad der skulle ske med Hertugdømmerne. Forbindelsen til kongeriget Danmark var brudt, og en anden konstruktion måtte skabes. En mulighed var, at Slesvig-Holsten og Lauenburg blev en selvstændig stat tilknyttet Det tyske Forbund. Det ønskede de fleste i Hertugdømmerne. I stedet blev det Preussen og Østrig, som bestemte udviklingen. I takt med den voksende splid mellem disse lande, overtog Preussen styringen. Frem til begyndelsen af 1867 blev der gennemført en anneksion, hvor Slesvig-Holsten blev underlagt Preussen.
Afgørende var det at Preussen og Østrig havde mange tropper i Hertugdømmerne ved krigens afslutning. I februar 1865 blev der indført et preussisk-østrigsk fællesstyre med en bestemmende civilkommissær fra hvert land. Det gav problemer fra begyndelsen, fordi Preussen og Østrig havde forskellige interesser. ind
Den preussiske konge Wilhelm 1 og ministerpræsident Otto von Bismarck ville ikke acceptere, at Slesvig-Holsten skulle være en tysk småstat med Hertugen af Augustenborg som regent. Derfor blev en gruppe preussiske kronjurister sat til at vurdere og underkende det retlige grundlag for Hertugens arvekrav. Det kunne bruges til at legitimere Preussens anneksion.
I Hertugdømmerne var der stor og stigende opbakning bag Hertugen. Grunden var at det øgede mulighederne for et selvstændigt Slesvig-Holsten. På kort tid blev der indsamlet omkring 60.000 underskrifter til støtte for Hertugen. Denne augustenborgske bevægelse optog i vid udstrækning målene fra den slesvig-holstenske, men med større fokus på Hertugdømmernes selvstændighed. Nu i forhold til Preussen. I løbet af kort tid blev moderne aviser etableret, og antallet af slesvig-holstenske foreninger voksede hurtigt.
Der var også en lille indflydelsesrig gruppe, som arbejdede for at Slesvig-Holsten skulle være en del af en preussisk styret tysk enhedsstat. Det var for at sikre et konservativt styre. Gruppen bestod hovedsageligt af adelige godsejere fra Ridderskabet. Deres vigtigste mål var at bevare de bestående privilegier, og Carl von Scheel-Plessen gruppens vigtigste talsmand.
Preussen og Østrig underskrev den 14. august 1865 en vigtig aftale. Det blev besluttet, at Preussen fremover selv skulle stå for styret i Slesvig, mens Østrig overtog eneansvaret i Holsten. Samtidig blev Lauenburg solgt til den preussiske konge. Derefter slog Preussen hårdt ned på den augustenborgske bevægelse. I løbet af det følgende år blev slesvig-holstenske foreninger opløst, aviser forbudt og slesvig-holstenske embedsmænd udskiftet.
I Holsten støttede østrigerne den augustenborgske bevægelse. Den østrigske regering ønskede at få forholdene i Hertugdømmerne drøftet i Forbundsdagen i Frankfurt. I juni 1866 blev den holstenske stænderforsamling indkaldt for at forhindre, at Preussen fik held med at annektere Slesvig. Det bevirkede, at preussiske tropper rykkede ind i Holsten den 10. juni 1866, og at de østrigske soldater og myndigheder trak sig ud i ro og orden.
Carl von Scheel-Plessen blev indsat som overpræsident i den forestående preussiske provins. Under hans ledelse blev undertrykkelsen af den augustenborgske bevægelse gennemført i Holsten.
Forløbet i Slesvig-Holsten skal ses i relation til forholdet mellem Preussen og Østrig generelt. Under Bismarcks ledelse søgte Preussen at opnå lederskabet i et samlet Tyskland, og med invasionen af Holsten førte stridighederne til en krig, som Preussen vandt på under tre uger.
I fredstraktaten var der bestemmelser om, at de østrigske rettigheder i hertugdømmerne blev overdraget til Preussen. Den preussiske konge, Wilhelm 1, kunne derfor i januar 1867 proklamere, at Slesvig-Holsten nu var en del af Preussen. I de følgende år blev preussisk lov og forvaltning gennemført i Hertugdømmerne. Det skete selv om hovedparten af befolkningen ønskede, at Slesvig-Holsten skulle fortsætte som en selvstændig tysk stat.
